Molecular Identification of Genetic Markers of Susceptibility to Essential Hypertension Using Whole Exome Sequencing among Sudanese Patients from Afro-Asiatic and Nilo-Saharan ethnic groups

Show simple item record

dc.contributor.author Babiker, Wesal Ahmed ELHanbli
dc.date.accessioned 2021-01-27T08:05:28Z
dc.date.available 2021-01-27T08:05:28Z
dc.date.issued 2020
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/123456789/1135
dc.description.abstract Background: Essential hypertension (EH) is one of most important risk factors for CVDs, stroke and end stage renal disease and a major cause of premature deaths worldwide. It is a multigene complex disorder with no known single gene playing a major role, but rather many genes each with mild effects reacting to different environmental stimuli contribute to BP. This study we hypothesized that a block of specific single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertion /deletion mutations (InDels) in genes controlling pathways of BP regulation is associated with susceptibility to EH among Sudanese taking the Afro-asiatic ethnic group as a model. Aim of study: To identify the genetic markers of EH among Sudanese patients. Study design: Prospective laboratory case control study Duration: (from 2015 to 2020) Site of work: Central laboratory, Ministry of Higher Education and Scientific Research. Methods and Results: Whole exome sequencing (WES) was used to analyze genomic DNA of (15) members (13 hypertensive cases and 2 normotensive controls) of two families of strong family history of EH. The 2 families belong to the Afro-asiatic ethnic group. In silico analysis and data filtration with bioinformatics tools identified set of genes which function in different metabolic pathways; mainly lipid and lipoproteins metabolism as well as signal transduction, informational and immune system pathways. Screening for MTHFR rs1801133 and ADM rs5005 was performed using real time PCR for a total of (221) samples (107 hypertensive cases and 114 normotensive controls). Results showed high frequency of the 2 variants among Sudanese especially among Nilo-Saharan ethnic group. Unlike ADM, MTHFR variant is associated with EH (P value 0.04) and this association is significant among females. Conclusions: WES is a molecular method used to identify novel variants associated with polygenetic complex diseases. In silico analysis applied highlighted the importance of G-protein coupled receptors (GPCRs) as an important pathway in regulating blood pressure via its role in activation of calcium release. Screening of population for the identified variants is required to determine alleles associated with susceptibility to EH and BP regulation. المستخلص ارتفاع ضغط الدم الأساسي (EH) هو واحد من أهم عوامل الخطر لأمراض القلب والأوعية الدموية ، والسكتة الدماغية والمرض الكلوي في المرحلة النهائية وسبب رئيسي للوفاة المبكرة في جميع أنحاء العالم. إنه اضطراب معقد متعدد الجينات مع عدم وجود جين واحد معروف يلعب دورًا رئيسيًا ، ولكن العديد من الجينات ذات الآثار الخفيفة التي تتفاعل مع المنبهات البيئية المختلفة تساهم في ضغط الدم. في هذه الدراسة افترضنا أن كتلة من تعدد أشكال النوكليوتيدات الفردية (SNPs) وطفرات الحذف الإدراج (InDels) في الجينات التي تتحكم في مسارات تنظيم ضغط الدم ترتبط بارتفاع ضغط الدم الأساسي بين السودانيين وتم اخذ مجموعة عرقية أفرواسيوية كنموزج. تم استخدام تسلسل الإكسوم الكامل (WES) لتحليل الحمض النووي الجينومي لـ 15 عضوًا - 13 حالة ارتفاع ضغط الدم و 2 ضوابط معيارية - لضغط الدم لعائلتين من تاريخ عائلي قوي لارتفاع ضغط الدم الأساسي. تنتمي العائلتان إلى المجموعة الإثنية الأفرو آسيوية. حددت تصفية البيانات باستخدام أدوات المعلوماتية الحيوية مجموعة من الجينات التي تعمل في مسارات التمثيل الغذائي المختلفة ؛ بشكل رئيسي استقلاب الدهون والبروتينات الدهنية وكذلك تحويل الإشارة ، ومسارات المعلومات ونظام المناعة. تم إجراء الفحص لـ MTHFR rs1801133 و ADM rs5005 باستخدام PCR في الوقت الفعلي لمجموعه 221 عينة - 107 حالات ارتفاع ضغط الدم و 114 ضوابط معيارية . أظهرت النتائج تواترًا عاليًا للمتغيرين بين السودانيين خاصة بين مجموعة النيلو الصحراوية العرقية. على عكس ADM ، يرتبط متغير MTHFR بارتفاع ضغط الدم الأساسي- P 0.04- وهذا الارتباط مهم خاصة عند الاناث. تسلسل الإكسوم الكامل هي طريقة جذابة لتحديد المتغيرات الجديدة المرتبطة بالأمراض الوراثية المعقدة. يسلط تحليلنا في السليكو الضوء على أهمية المستقبلات المقترنة بالبروتين(GPCRs) G كمسار مهم في تنظيم ضغط الدم من خلال دوره في تنشيط إطلاق الكالسيوم. مطلوب فحص السكان للمتغيرات المحددة لتحديد الأليلات المرتبطة بقابلية التأثر بالصحة وتنظيم ضغط الدم. en_US
dc.language.iso other en_US
dc.publisher Dina Ahmed Hassan en_US
dc.subject Nilo-Saharan ethnic groups en_US
dc.subject Afro-Asiatic en_US
dc.subject Sudanese Patients en_US
dc.subject Whole Exome en_US
dc.subject Hypertension en_US
dc.subject Genetic Markers en_US
dc.title Molecular Identification of Genetic Markers of Susceptibility to Essential Hypertension Using Whole Exome Sequencing among Sudanese Patients from Afro-Asiatic and Nilo-Saharan ethnic groups en_US
dc.type Thesis en_US


Files in this item

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search DSpace


Advanced Search

Browse

My Account